O setor de meio ambiente e segurança do trabalho realiza o controle ambiental das atividades nos postos de gasolina, TRR, silos graneleiros, armazéns de insumos agrícolas e postos de embalagens vazias de agrotóxicos da Coopercitrus. Estabelece parceria com o INPEV (Instituto Nacional de Processamento de Embalagens Vazias), disponibilizando local para destinação de embalagens vazias em todas as cidades onde possui lojas de insumos, além de outros locais em demais municípios.

Em Bebedouro, possui ainda uma Central de Recebimento de Embalagens Vazias, que se caracteriza por ser uma das mais modernas do estado de São Paulo. Adicionalmente, esse setor promove treinamentos para cooperados e operadores sobre o uso seguro e correto de defensivos agrícolas; EPI; tríplice lavagem e destinação de embalagens vazias; envia notificações em domicílio aos cooperados sobre os prazos para devolução de embalagens vazias de agrotóxicos; transporta embalagens vazias dos postos de recebimento até as centrais com sua própria frota, mantendo assim os postos sempre em condições de receber embalagens; disponibiliza um funcionário que representa a OCB e OCESP no conselho diretor do INPEV e aos órgãos ambientais para tratar de questões de meio ambiente.