A Coopercitrus Cooperativa dos Cafeicultores e Citricultores de São Paulo foi fundada em 14 de maio de 1976, através da fusão de duas cooperativas já existentes: A Cooperativa Agropecuária da Zona de Bebedouro (Capezobe), fundada em 1964 em Bebedouro, e a Cooperativa Agrária dos Cafeicultores D’Oeste de São Paulo (Capdo), fundada em 1950 em Monte Azul Paulista. Assim, já nasceu com um quadro social bastante grande: 1920 cooperados.
Inicialmente, atuava apenas em 55 municípios da Região Norte de São Paulo. Desde 1997, a Coopercitrus vem ampliando sua área de atuação, que hoje engloba os estados de São Paulo, Minas Gerais, Paraná, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Goiás e Tocantins, contando, atualmente com um quadro social superior a 15 mil associados.